免稅商品特許經營費，其實是一種政府收入，專門針對免稅店收取，只有取得特許經營資格、能在機場、港口、車站、邊境口岸等海關監管區域經營免稅商品的企業才需要繳納這筆費用，免稅商品一般包括兩類一類是免征關稅、進口環節稅的進口商品，另一類是實行退稅進入免稅店銷售的國產商品。
這項制度最早可以追溯到2004年，當時財政部發布了文件，明確從2005年起對免稅商品經營企業征收特許經營費，按年銷售收入的1%計算，后來隨著政策的發展，2006年財政部又發布了補充通知，對征收方式進行了細化。
到了2011年，海南建設國際旅游島為了支持離島免稅政策，財政部等部門又出臺新規，要求離島免稅店按年銷售收入的4%上繳特許經營費。
2018年，免稅商品特許經營費由原來的財政部門管理，正式劃歸到稅務部門征收，這也是國家財政管理體系改革中的一部分。
中國免稅品（集團）總公司、中國中旅集團、深圳國有免稅公司、珠海免稅企業集團、上海浦東機場免稅店、海南離島免稅購物商店等，除此之外還有一些在出境航班、國際列車或輪船上銷售免稅商品的企業也需要繳納特許經營費。
只要涉及向出境旅客、駐華外交人員、國際海員等人群銷售免稅商品的，都屬于繳費主體。
企業每年結束后，需要在5個月內完成繳費申報，繳納的基準是企業當年的免稅商品銷售收入，按照規定比例計算應繳金額。繳費時，企業要以注冊會計師的審計報告為依據，清算當年應交金額，然后通過電子稅務局或辦稅服務廳，用《非稅收入通用申報表》完成上繳。
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